Институт является правопреемником учреждений дополнительного профессионального образования специалистов агропромышленного комплекса, которые были созданы ранее. Первоначально, Приказом Министерства сельского хозяйства РСФСР № 161 от 09.04.1966 г. была организована школа повышения квалификации сельскохозяйственных кадров при областной государственной сельскохозяйственной опытной станции.
В 1981 году приказом Министерства сельского хозяйства РСФСР учреждение переименовывается в Школу управления сельским хозяйством.
В 1986 году в связи с созданием системы Госагропрома РСФСР данное учебное учреждение переименовано в школу управления агропромышленным комплексом.
В 1992 году Липецкая школа управления агропромышленным комплексом Приказом Министерства сельского хозяйства от 14 сентября №431 преобразуется в Липецкий филиал Курского регионального института переподготовки и повышения квалификации руководящих кадров и специалистов агропромышленного комплекса, а приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 3 мая 1995 года №115 преобразуется в Липецкий институт переподготовки и повышения квалификации кадров агропромышленного комплекса, который в 2011 году переименован в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного профессионального образования специалистов «Липецкий институт переподготовки и повышения квалификации кадров агропромышленного комплекса», а в 2015 году переименован в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного профессионального образования «Липецкий институт переподготовки и повышения квалификации кадров агропромышленного комплекса».